Questo splendido Museo si trova nella trecentesca sala del Capitolo del Duomo e raccoglie opere provenienti dal Duomo, dal battistero e dal camposanto. Tra queste, la più notevole è un ippogrifo
bronzeo di origine moresca (X sec.) portato a Pisa come bottino durante le guerre contro i Saraceni. Il museo ospita inoltre opere di Nicola e Giovanni Pisano, in particolare una Vergine col Bambino (1300 ca.) d’avorio, che si trovava sull’altare maggiore; infine raccolte di dipinti del XV-XVIII secolo, reperti romani ed etruschi e paramenti sacri.